LAIDLAW · VERIFIED SOURCES
T. CRUZI · TWO PRIMARY STUDIES · SOURCE-BOUNDED COMPARISON
两个克氏锥虫研究不能只按细胞数比较
两项研究的目标、样本结构、参考基因组、定量流程、质量控制和公开处理结果均不同。本页把这些差异并列呈现，帮助科研人员判断哪些结论可以使用、哪些比较需要重新设计。
COMPARABILITY WARNING
当前不应直接进行跨研究差异表达
必须先预先定义统一的基因特征空间、样本纳入规则、双细胞处理、归一化、批次校正和验证方案。否则技术差异可能被误判为生物学差异。
AUDIT FIELD
Laidlaw et al. 2026Lifecycle atlas · E-MTAB-14406
Inchausti et al. 2026Mammalian-stage study · PRJNA1200704
研究目标
体外生命周期图谱；覆盖昆虫期、哺乳动物期及分化轴
哺乳动物期混合群体；重点研究转唾液酸酶样超家族表达异质性
目录细胞数
31,065个质控后有效细胞
3,192个质控后细胞；去除41个双细胞后为3,151个
样本结构
8个来源样本、8个实验、25个ENA运行；样本1–7构成图谱，样本8用于48小时无鞭毛体验证
1个BioSample、1个实验、1个SRA运行；同一文库分两次技术测序并在公开代码中合并
细胞阶段
上鞭毛体、后循环型、细胞来源锥鞭毛体、6/24/120小时无鞭毛体及混合样本
无鞭毛体、过渡细胞、细胞来源锥鞭毛体
10x化学体系
Chromium Next GEM Single Cell 3′ v3.1；第二生物学重复使用v3.1 Dual Index
Chromium Next GEM Single Cell 3′ v3.1；样本在上机前进行甲醇固定
参考与定量
Dm28c 2018；3′UTR延长2,500 bp；Cell Ranger v6.0.0，并进一步使用更新UTR边界分析
Dm28c release 62 + maxicircle；peaks2UTR得到11,362个3′UTR；kallisto bustools 0.51.1
基因数量口径
论文：15,321个检测到的基因；作者H5AD表达特征空间同为15,321
论文：14,321个至少在一个细胞中检测到的基因；存档矩阵含19,132个特征——两者不是同一概念
公开处理结果
作者CELLxGENE图谱公开UMAP、细胞元数据和处理表达视图；BioStudies本身未提供处理计数矩阵
Zenodo提供17个文件及两张技术矩阵；未提供论文最终UMAP、最终细胞元数据或Seurat/H5AD对象
本站可展示范围
可忠实展示作者嵌入、细胞注释和可查询表达视图，并明确矩阵层含义
仅展示来源、矩阵结构和方法审计；不伪造作者最终UMAP或细胞标签
INCHAUSTI · VERIFIED SOURCES