我想找一项研究或数据集
按物种、阶段、测序技术、作者或仓库登录号检索。
打开数据目录 →GUIDE · 使用指南
从一个问题开始，三分钟找到可信锥虫数据
为刚接触锥虫和单细胞数据的研究生设计：先选择研究问题，再按真实页面完成研究、基因或细胞检索，最后核对论文、仓库和数据边界。
01 · START WITH A QUESTION
先判断你要找的是哪一类信息
TrypCell 当前目录包含 6 项经过来源核验的锥虫研究，共 57,674 个目录细胞条目。对初次使用者，最有效的入口不是浏览所有页面，而是先从下面四种科研问题中选择一种。
我想查看细胞分群或生命周期
进入作者坐标图谱，查看细胞、样本、阶段和处理条件。
打开交互图谱 →我想知道某个基因在哪些研究中可查
按作者特征编号、基因名称或产物搜索真实表达层。
打开跨研究基因检索 →我想找宿主对克氏锥虫的反应
宿主分子变化与锥虫细胞图谱是不同数据类型，应进入专门的宿主反应证据入口。
查看宿主反应证据 →ChagasDB ↗本站的核心范围是直接测量锥虫细胞的单细胞研究。若问题是人、鼠或其他宿主在感染后的分子变化，请使用宿主反应入口，不要把宿主基因结果解释成锥虫基因表达。
02 · FIND A STUDY
第一次检索，从“数据”页面开始
ChagasDB 的指南采用“搜索—筛选—查看字段—下载”的任务顺序。TrypCell 保留这个清楚的思路，但先要求用户选择研究，因为不同物种、株系、平台、参考版本和表达单位不能默认直接比较。
- 1打开“数据”，先选择 T. b. brucei 或 T. cruzi。
- 2在搜索框输入作者、生命周期阶段、技术或仓库登录号。
- 3打开匹配记录的“科研数据护照”，核对细胞数口径、表达单位、坐标和参考版本。
- 4再选择论文、原始仓库、本站图谱或专业表达图谱。
PRJEB41744按 ENA 登录号定位 Briggs 等人的研究。
Smart-seq2查找使用相应板式单细胞方案的数据。
amastigote查找描述无鞭毛体阶段的研究记录。
T. cruzi使用物种按钮筛选克氏锥虫研究。
03 · SEARCH A GENE
先找作者特征编号，再打开表达图
基因页可按作者矩阵中的特征编号、基因名称或产物注释搜索，并列出该特征在哪些研究的真实表达层中可查询。搜索结果表示“可在哪里查看”，不表示这些研究已经被联合分析。
精确的作者特征编号通常是最可靠的检索词。
名称或产物搜索适合发现候选项，但打开结果后仍需核对编号。
- 核对作者编号、当前映射编号和参考版本。
- 核对表达单位：原始计数、归一化值和缩放值不是同一尺度。
- 若页面明确显示表达层不可用，本站不会生成替代值。
- 不要在不同物种之间根据相似名称自动认定同源基因。
04 · READ THE ATLAS
把图谱当作数据地图，而不是细胞照片
临时查看细胞编号和可公开的作者元数据。
固定一个细胞，详情显示在图外侧栏，不遮挡选点。
选择多个细胞并查看组成或下载元数据，不会重新聚类。
分类色表示阶段、样本、处理或 cluster；连续色阶可表示当前基因值。
- Smart-seq2
- 板式单细胞 RNA 测序方案，可获得全长 cDNA；具体建库和定量必须回到论文方法核对。
- Chromium 10x
- 液滴微流控单细胞平台，常用细胞条形码和 UMI；3′/5′化学版本及过滤流程影响可比性。
- PCA
- 线性降维结果；PC 轴表示表达变化方向，不是细胞在组织中的物理位置。
- UMAP
- 把高维邻近关系投影到二维或三维。相邻点通常更相似，但远距离和轴没有直接生物学单位。
- Cluster
- 算法在所选表达空间中得到的细胞组；没有标记基因和独立证据时，不能自动称为细胞类型或生命周期阶段。
05 · VERIFY BEFORE USE
把结果用于论文前，核对这七项
- 物种和亚种是否正确？
- 株系、生命周期阶段、样本和处理条件是否符合问题？
- 细胞数采用作者过滤前还是过滤后口径？
- 测序技术、表达单位和参考版本是什么？
- 坐标、矩阵和注释来自作者还是本站转换？
- 论文、仓库登录号和文件来源能否打开？
- 数据许可是否允许你的下载或再发布用途？
作者发布的矩阵、坐标、元数据和注释。
本站只转换文件或字段格式，并保留源文件和校验记录。
只有流程、代码、参数和参考均可复核时才使用；不会冒充作者结果。
四个常见误读：UMAP 远距离不是生物学距离；cluster 不自动等于细胞类型；灰色或缺失值不自动等于零表达；不同研究的数值不能因颜色相似就直接比较。
06 · SUBMIT AND CITE
提交研究、更正记录并正确引用
提交无需账户，但必须提供可核验的论文或明确标注的预印本、公共仓库登录号、物种、株系、测序方法、参考版本、表达层和许可。大型矩阵与原始测序文件应存放在 GEO、SRA、ENA、BioStudies、Zenodo 等持久仓库，而不是上传到本站表单。
01Received已收到
02Source check来源检查
03Scientific review科学审核
04Rights review权利审核
05Versioned release版本化发布
提交不等于发布。人工审核通过后，记录才可能进入版本化发布。用于生物学分析时，应引用原始论文或预印本以及公共仓库登录号；若使用本站转换、术语映射或审计结果，再记录 TrypCell 数据集页面、版本和访问日期。